Microsoft выпустила обновленные варианты трех бюллетеней безопасности, впервые представленных 25 октября. В обновленных версиях заплаток для Windows используется иная версия утилиты Update.exe. В исходных патчах использовалась утилита версии 5.3.23.4, требующая при запуске прав на отладку (Debug Rights). В результате, на некоторых компьютерах, где права на отладку были отключены для всех пользователей, заплатки не устанавливались. Для устранения этой проблемы в обновленных заплатках применяется файл Update.exe версии 5.4.1.0, не требующий для запуска Debug Rights.

В Microsoft подчеркивают, что обновленные патчи не устраняют никаких новых дыр, и их не нужно устанавливать, если оригинальные версии заплаток установились нормально. Кроме этого, 22 октября Microsoft обновила патч, описанный в бюллетене MS-03-045. Это обновление также не связано с безопасностью и касается неправильной работы некоторых программ от сторонних компаний в локализованных версиях Windows 2000 SP4, в том числе в русской. Если поьзователи не испытывают никаких проблем с оригинальной заплаткой, то обновленную версию устанавливать не нужно.